De acuerdo, además la comunicación en estos temas no puede ser verbal. Sea email, memorándum, bitácora o la forma que usen en la empresa, debe quedar un registro del intercambio. El "me dijo, le dije" no es manera de comunicarse en el entorno laboral. Dirigirse al superior por mail es perfectamente lógico, y el problema es ese: el mail muestra un mal proceder, y no puede responder por escrito porque implica reconocerlo.No puedes retirar el email, prima. Ella le teme al email, no solo porque tú puedas imprimirlo, sino porque vuestros email del trabajo pertenecen a la empresa/organismo para el que trabajáis y de ser necesario los puede leer RRHH o cualquier mando superior.
Le parece mal que lo hayas puesto por escrito porque no está bien y se está aprovechando de ti. Si fuera legal, como ella dice, no tendría problema en contestar a tu email explicando porqué tu horario es correcto. Patalea en lugar de contestarte porque te está usando para cubrir vacantes gratis.