No hay problema en eso, si la mayor parte de los padres que sus hijos van a colegios religiosos no pisan una misa como no sea en una boda, antes los no bautizados eran algo raro ahora es muy común, mientras no te empeñes en llevarlo a un colegio religioso y no seguir los usos y costumbres no hay problema. A los niños les da igual.Y no sólo es que estés en tu derecho, es que serás coherente con tus ideas. Yo tengo amigos cuyos hijos no están bautizados que los envían a colegios religiosos donde evidentemente dan religión, van a misa, rezan, etc... aún son pequeños, pero me gustará ver en unos años cómo les explican a sus hijos ese doble rasero.
Yo tampoco creo que la educación tenga que pasar por la religión, al menos no como adoctrinamiento. Para eso están las parroquias.