Como te ha dicho una prima más arriba, una de las mejores zonas para quedarse es la del Midtown, por los alrededores de Times Square. No es barato, pero lo tienes todo a un tiro de piedra (hoteles en concreto que puedo recomendar el Row NYC, el Room Mate Grace y el Hyatt, que son los que he probado). Si te quieres ahorrar algo de dinero es interesante que mires cosas por Brooklyn, hoteles no hay tantos, pero Airbnb hay un montón y los precios disminuyen significantemente. Luego para ir a Manhattan coges el metro y en 15 minutos estás ahí.
Yo soy de la opinión de que la primera vez hay que alojarse en Manhattan, así tienes la experiencia más completa.
Como siempre se vuelve a NY, porque quién no quiere volver a NY, es momento de mirar fuera de Manhattan y disfrutar de algo más tranquilo y manejable como son ciertas zonas de Brooklyn. Particularmente prefiero mil veces alojarme en Williamsburg o Greenpoint que en Manhattan por mil razones pero hay que dormir en la gran manzana una vez en la vida, idealmente la primera