No te cuesta entenderlos porque te hablan en inglés. Cuando yo voy a visitar a mis suegros, que viven cerca de Glasgow, y vamos al pub a tomar unas cervecitas, mucha gente habla Scots o Scots English (que es una especie de híbrido entre ambos idiomas) entre sí. Si se dirigen a mi en Scots y yo pongo cara de no enterarme de nada, entonces me hablan en inglés y hacen lo posible por suavizar el acento, para que nos podamos entender. Yo lo noto mucho en una de mis cuñadas, que es locutora en BBC Scotland, el idioma que emplea cuando estamos en familia no es el mismo idioma que habla cuando está frente a las cámaras, y eso que ella no habla Scots a full.
Es que tu misma lo estás diciendo... Es una lengua autóctona, más o menos hablada, pero no es la oficial, ni es la utilizada para comunicarse entre ellos y los foráneos.
Es como si me dijeras que en EEUU, porque tienen palabras distintas se habla un idioma distinto del inglés.
De hecho, en la wiki encontré esto, que dudo que sea un dato manipulado, aunque no tengo ganas de buscar la fuente:
Según un sondeo gubernamental realizado en 2010, un 64% de los escoceses consideran que el scots y el inglés son el mismo idioma.